Aktivitas keberagamaan siswa, menjadi agenda penting yang menjadi satu kesatuan dalam agenda kegiatan madrasah. berbagai kegiatan agama menjadi agenda rutin yang difasilitasi madrasah. Tujuannya tiada lain adalah untuk memberi kesadaran penuh terhadap siswa dan seluruh civitas akademika di MI Negeri 5 Bener Meriah, bahwa sebagai manusia beragama, sisi religiusitas menjadi aspek penting untuk dikembangkan dalam diri siswa, guru, juga personil lain di lingkungan Madrasah.
Berbagai kegiatan rutin madrasah dalam bidang keagamaan diantaranya adalah: